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# Tutorial de DM Básica - Introdução

Neste tutorial aprenderemos os passos necessários para realizar uma simulação de dinâmica molecular básica.

Utilizaremos para isso a Protease do HIV, uma enzima homodimérica expressa por céluas infectadas pelo vírus do HIV. Esta enzima é essencial para propagação dos vírus e para a manutenção do processo infeccioso. Muitos fármacos já foram projetados para funcionarem com inibidoes desta enzima, como o Amprenavir, Atazanavir, Darunavir, Indinavir, Ritonavir, Nelfinavir, entre outros.

<figure><img src="https://900350334-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FrJU6OmnzfAyLBc7CicXf%2Fuploads%2FRJe64H4f7dWLOkiyIkVG%2F41598_2018_36041_Fig1_HTML.webp?alt=media&amp;token=f161f5ed-f36b-4d16-b9f0-dfb94d5ce510" alt="" width="563"><figcaption><p>Estrutura da Protease do HIV. Fonte: Sheik Amamuddy, O., Bishop, N.T. &#x26; Tastan Bishop, Ö. Characterizing early drug resistance-related events using geometric ensembles from HIV protease dynamics. <em>Sci Rep</em> 8, 17938 (2018). https://doi.org/10.1038/s41598-018-36041-8</p></figcaption></figure>

Além disso, usaremos o programa GROMACS que é um dos mais utilizados para realizar simulções de DM. Outros programas também muito utilizados são  o AMBER, CHARMM, NAMD e Desmond.

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<figure><img src="https://900350334-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2FrJU6OmnzfAyLBc7CicXf%2Fuploads%2FjBCVyjCRrXrV1dRGlPt4%2FDMSoftware.png?alt=media&amp;token=433ee8f7-7e6a-4b90-a585-6840a5517802" alt="" width="563"><figcaption><p>Programas mais comumente usados para realizaçãode simulãçoes de dinâmica molecular.</p></figcaption></figure>

O programa GROMACS pode ser obtido em [gromacs.org](https://lmdm.gitbook.io/dmbasica/www.gromacs.org), e o processo de instalação simplificada pode ser encontrado [aqui](https://manual.gromacs.org/2024.2/install-guide/index.html).

Utilizaremos também os programas [Pymol](https://github.com/schrodinger/pymol-open-source) e [VMD](https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD) para visualização . Ambos gratuitos para instalação.

Ao longo deste tutorial aprenderemos como:

1. Visualizar os sistemas que serão simulados;
2. Preparar os sistemas para simulação;
3. Realizar análises sobre as trajetórias obtidas;
4. Realizar a parametrização de ligantes;

Para as três primeiras partes desse tutorial, sugerimos que a turma seja separada em dois grupos:

* Um grupo deverá utilizar a estrutura da proteína <mark style="color:green;">**na presença do substrato natural**</mark>
* O outro grupo trabalhará com a proteína na <mark style="color:orange;">**ausência do substrato natural**</mark>

Na última parte do tutorial cada aluno poderá escolher um ligante diferente para realizar uma nova preparação de sistema.

Começaremos nosso tutorial criando um diretório onde colocaremos todo o material do curso.

```bash
mkdir dmbasica
```

Clique no link abaixo para acessar a primeira parte do tutorial.


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# Agent Instructions
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```

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